参考文献管理工具是科研人员在写作的时候用来处理参考文献和引用的软件，参考文献管理工具会储存全文论文和参考文献，用户也能在 PDF 中做笔记和注释。最重要的是，这类的工具可以在写作的同时排版内文引用和参考书目。因此，如果论文不幸被期刊拒绝了，需要改投别的期刊，作者不需要花时间根据新的期刊规定重新排版，只要在软件中一键重新排版即可。下面是一些受欢迎的参考文献管理工具，请注意有些领域会有自己偏好的工具，在选用的时候建议先征询同行专家的意见。

Zotero：这个工具可让用户搜集、组织、引用、分享自己的研究来源。Zotero 会自动下载并储存用户所阅读的文章 PDF 档案，将所有的参考书目信息提取出来。不管是在微软 Word、Open Office 或是 Google Docs 上进行写作，用户都可以轻松进行检索并添加内文引用，Zotero 会自动列出参考书目。但 Zotero 没有办法对 PDF 进行注释，用户需要自己记录在别的档案中，但还是能进行查找。

Mendeley：Mendeley 是兼具社交网络、参考文献管理和文章视觉化等功能的工具，参考文献管理功能可以轻松储存并读取文章，有微软 word 引用工具，让用户可以直接在档案中添加参考文献。跟 Zeotero 不同，用户可以在 Mendeley 程式中直接浏览添加注释在 PDF 文档。该平台最好的功能是研究人员可以建立群组，互相合作并分享文档。

ReadCube：这是一个发现、管理研究文献并添加注释的程式。ReadCube 提供优化的 PDF 阅读体验，在静态 PDF 文档中提供互动引用，整合作者信息，提取补充数据，相关文章及全屏图片浏览。

EndNote：科睿唯安的软件工具，是科研人员发表和管理参考书目、引用及参考文献的工具，特别受欢迎。研究人员可以建立自己的参考文献图书馆，自己手动添加或是直接汇入参考文献，组织并储存参考文献，使用 EndNote 建立并编辑引用。EndNote 也让研究人员分享自己的研究和参考文献，可以分享全文档案或是笔记给其他 EndNote 用户。